An very important software:rasmol

Yesterday,I bought a book about Monte Carlo method written by Jun S. Liu who is a statistician in Havard.(书名叫做科学计算中的蒙特卡落策略，写的相当好）。
In his book,he use the rasmol software to show the structure of carbon dioxide.
So I just search google to find whatever rasmol is,now I know it's a very useful tool to discover the structure of protein.
The two pictures above is output by rasmol which reads some pdb format file.
到现在为止我才发现分子结构有这么好玩的东西，真是相见恨晚呀！呵呵。

The Phase trasition of 2D ising model by metropolis method

我花了好大的力气才把这个世界排名第一的经典算法搞好，就是一个动态的Monte Carlo方法，
用这个方法模拟了二维情形(Ising model)下磁铁的相变，上面的图分别展示了分子平均能量，磁场强度和比热的突变。具体的细节太多了，不想总结了。
但有一点经验，that is ,Java is not suitable for scientific computing!!!

Me

纪念我的一个高中同学

刚刚得知我的一个曾经的高中同学患白血病过逝了，心里真的十分难过，没想到。。。
他高中是曾是我们班的劳动委员，篮球打得也很出色，和我关系也很好，我们曾经还是同桌。。。
记得刚上大学，他给我发电子邮件，告诉我他学的是软件工程，我们还聊了一番，没想到这么快。。
该过去的都要过去，我历来是个唯物主义者，不相信有什么天堂地狱，可是现在我真的很希望天堂确乎是存在的。
一路走好。

Green leave here,but where is my flower?

The graph I made in matlab is about another insteresting topic:Fractal.
用了简单递归的算法生成的，当然大自然是有许多独特的设计，我调了很长时间的参数才做好。
主要包括三个层面的自相似：
－，每一片子叶形状自相似。
二，每一条经脉末端和前端自相似。
三，经脉宽度自相似。
我用了近百万个数据点，所以图像很大(about 10 mb)，鉴于博客的加载速度，这只是一个被模糊了的图像，anyone who wants a initial full copy,just email me.
zeropinzuo@gmail.com

The circular motion

The two graph above I made is to show the unstability of EulerForward method during long period of computing.
上面是一个模拟万有引力控制的有心运动，用向前Euler格式造成的误差使能量不守恒，变成了向心运动。
图2用了Runge-Kutta方法，其精度有所提高，但仍不能从根本上避免能量减少。
其实最好的办法是采用辛几何，保证Hamilton量守恒，不过暂时不会，呵呵。

Strange attractor

The graph above I made is to show the amazing beauty of Chaos.
我用matlab试着作出了这个超经典的奇怪吸引子，事实上就是有两个鞍焦点，形成同宿轨道，呵呵，真的很有趣。